В магазине или в интернете. 
Помните, что лицензионные версии распространяются исключительно через официальных дилеров ("Бука"), либо напрямую самим разработчиком через интернет при помощи Steam (о нем см. ниже). Все остальное - нелегальная продукция со всеми вытекающими.

В функционале. Как ни крути, пиратка - это обрезанная версия лицензии. Компания Valve любит баловать игроков постоянными улучшениями, дополнениями и корректировками игрового баланса. Причем весь процесс автоматизирован, так что вам достаточно только запустить Steam, и программа скачает все апдейты автоматически. В пиратской версии вам придется постоянно искать нужные апдейты в интернете, а это не всегда просто. 
Кроме того, с лицензией вы сможете беспрепятственно играть на всех без исключения серверах, а многие российские сервера уже давно перешли на поддержку только лицензионных версий. Автор этого ФАК-а тоже является щастливым обладателем и сторонником лицензии. Средняя цена лицензионной версии в России - 250-300 рублей, сумма, сравнимая со стоимостью двух пиратских дисков.

Как и любую другую программу. Запускаете исполняемый файл ( .exe ), и указываете папку, в которую вы хотите установить игру. 
Сразу хочу определиться с терминами. Вы можете установить Халф-Лайф и Контер-Страйк в любую папку, однако та папка, в которй будет лежать файл hl.exe (По умолчанию он называется Half-Life или Half-Life 2) в дальнейшем будет называться "папкой Халф-Лайф".

Если у вас Steam - версия, то через Стим. Если пиратка, то ищите ярлык на КС. 
Если ярлык не создался автоматически, или вы его удалили, то вам придется создать его снова. Щелкайте правой клавишей мышки по файлу hl.exe (или hl2.exe для CS:S) и в появившейся менюшке выбирайте "Создать Ярлык (Create Shortcut) ". После этого у вас должен появиться ярлык для файла hl.exe, щелкайте на нем правой клавишей мышки в меню выбирайте "Свойства (Properties) " В появившемся окне ищите поле "Объект", где должен быть прописан путь до файла hl.exe, например, такой: "C:/games/half-life/hl.exe". В этом поле после пути через пробел пишите -console -game cstrike, Должно получиться, например, так: "C:/games/half-life/hl.exe" -console -game cstrike . Этим вы задаете параметры запуска файла hl.exe, в данном случае - включить консоль и запускать мод Counter-Strike. Нажимайте ОК. Все, ярлык для CS готов.

Steam - это специальная программа, которая, начиная с версии 1.6, управляет всеми установленными продуктами компании Valve, в т.ч. CS1.6, CS:CZ и CS:S. Эта программа, во-первых, позволяет приобретать игры Valve напрямую (и закачивать их на Ваш компьютер), во-вторых, в самые кратчайшие сроки получать обновления игр прямо от разработчика, обеспечивает общение игроков, позволяет находить и играть на он-лайн серверах и выполняет еще ряд функций. Для работы Стима необходим Интернет. Программа Стим бесплатна; кроме того, не возбраняется скачивать сами по себе копии игр, использующих Стим. Просто для работы этих игр Steam требует уникальный лицензионный код, получить который можно только у разработчика (Стим обращается напрямую к Valve; подделка кодов практически исключается), именно этот код и является "лицензией", и стоит определенную сумму денег.

Существуют т.н. non-Steam версии CS. Они представляют собой игру без Steam, следовательно, вы не сможете получать обновления, закачивать другие игры и что самое важное - не сможете сыграть на on-line серверах КС, которые используют Steam (Т.е. практически на всех европейских и американских серверах. Non-Steam сервера более-менее распространены лишь в Росcии и в Израиле). Разумеется, такие копии CS являются нелицензионными и незаконными.